延伸閱讀
幕後花絮一
全球開麥拉：地點和場景設計
吉洛伊在2010年11月寫劇本時，跑了世界好幾個地方去看他的故事場景，他在為其他《神鬼認證》系列編劇時也做了同樣的功課。從加拿大洛磯山脈到東南亞，每一個場面都融入了當地獨特的環境。他回想說：「過去12年來最棒的旅程就是坐上飛機，造訪很不尋常、很有特色的地方，這是別人看不到的，因為你會以這部電影的視角去觀察環境。」
柯勞利這次再度陪同吉洛伊去勘查這些地點，他表示這部系列電影之所以這麼有特色，是因為它呈現出一般在戲院裡很少看到的場景。他說：「我們是最早去柏林取景的大片之一，另外也沒幾部當代的好萊塢電影比我們早去莫斯科進行拍攝工作。」《神鬼認證4》也是如此，吉洛伊選擇把故事場景拉到歐洲以外的地區，因為前三部電影當中有很多場景都以歐洲做背景。他說：「我和派翠克在東南亞四處勘查，然後把真實場景的細節寫入劇本，我們的做法一向都是如此，片中沒有一場動作場面不是根據實景來設計的。」
隨著場景從華府、曼哈頓快速切換到阿拉斯加和東南亞，吉洛伊也維持了前三部電影的精神。「我想讓電影看起來就像我們實際上所處的世界，」導演說：「我們把場景搬到異國，但不會去美化它們。這是一種動作片的寫實拍攝手法，會讓觀眾感到很熟悉。」溫納很感謝編劇兼導演提供這麼多細節，他說：「這部片有些場景不是大家每天都會去的，但它們都是活生生的真實景象，很貼近觀眾，這是旅遊書裡找不到的視角。」協助吉洛伊把這個世界建構出來對這部片的視覺風格來說是關鍵的一步。這些重要推手為美術指導凱文湯普森，他和吉洛伊曾在《全面反擊》與《口是心非》合作，還有曾因《黑金企業》獲奧斯卡獎的攝影師勞勃艾斯威特，他之前的作品也包括《全面反擊》與《口是心非》，以及和雷納合作的《竊盜城》和《不可能的任務：鬼影行動》。
吉洛伊稱讚湯普森說：「凱文過去的作品非常出眾，我們在《全面反擊》與《口是心非》當中就有密切合作，但我想《神鬼認證4》會讓許多人知道他沒有克服不了的障礙。設計這部電影的場景是個相當浩大的工程，從搭建大規模的布景到把場景搬到馬尼拉，中間有很多難題，還得時時維持真實性。這是難度最高的挑戰，但他做到了。」導演也很高興艾斯威特能再次加入他的製作團隊，他說：「我和勞勃在這三部片有最棒的合作經驗，他不但經驗老到、想像豐富，還相當耐操。
我們在電影開拍前進行了無數次的討論，感謝老天，若沒有人像他一樣全力支持我，我難以想像要怎麼拍出這麼長、規模這麼大的電影。」艾斯威特和第二組導演布萊德利可以拍攝無數個鏡頭，但如果片子剪接得不好，場景再多也沒用。另外一個加入製作團隊的吉洛伊兄弟是剪接師約翰吉洛伊，他在導演的前兩部電影中也擔任過剪接。約翰吉洛伊談到了他和哥哥湯尼的合作關係說：「我和湯尼合作的方式基本上和其他導演一樣。我會試著去了解他們的眼界，從那個角度去看事情。
如果我能將他們的想法內化，腦中就會有個指南針來指引我怎麼進行剪接工作。我和湯尼很早就建立起剪接師和導演之間那種很深的默契，並在三部電影的合作過程中又逐漸加深。我們對事物的敏感度很接近，大部分的時間意見也都很一致。」湯尼吉洛伊回應說：「約翰就像個剪接機器。這部電影很複雜，拍攝的順序也很奇怪，步調不斷加快，也拍了一大堆片子。你必須確實掌握當下的進度和需要補足的部分，而約翰不只是跟著我們的步調去剪輯和看片，他還會去建構片段和進行實地測試，幫我們確認細節的一致性，有時候真的讓我們非常驚訝。他是一個極度專業的剪接師，我無法想像少了他要怎麼拍這部片。」
戰情室與「南方」豪宅：紐約場景
在經過兩天在南韓首爾的拍攝工作之後，主要攝影開始在紐約皇后區的考夫曼阿斯托里亞製片廠進行，所有布景包含華府的內部場景都是在這裡搭建的。最先拍攝的部分是拜爾和他的團隊在總部設於維吉尼亞州的國家研究評估中心，這個機構替政府打造間諜殺手計畫。由於包恩的事情已經在大眾面前曝光，拜爾手下的專家便運用所有現有技術試圖將損害減至最低。
湯普森的團隊在這裡打造了一個危機處理室，拜爾的團隊就在這個階梯式的小房間窩了好幾天。柯勞利形容這個場景像是「25個人在裡面高速下棋」。湯普森在考夫曼製片廠蓋了一座實驗室，這裡是瑪塔進行革新實驗的地點。但這位美術指導最浩大的工程是在製片廠最大的攝影棚裡搭建一棟三層樓高的房子，也就是瑪塔位於馬里蘭州森林裡的家，不過湯普森一開始其實沒有打算搭這個景。「我們一開始試著找一個真的地點來啟發靈感或作為拍攝場地，」
他回想說：「湯尼想打造一個像童話故事一般的大房子：一棟夢幻但老舊的迷你別墅，瑪塔在有男朋友的時候買下了這間房子，希望有一天可以整修一番。」這棟房子是瑪塔和亞倫旅程的起點，也是兩人理解到彼此必須共患難的地點。「我們在距離紐約市北邊兩個半小時車程的哈德遜谷找到了一間夢幻的房子，」湯普森回想說：「它是1815年建的，蓋得非常浪漫，如詩如畫。我們雖然看了150間房子，但這一間是當時最符合我們要求的。」
可惜的是，這個名為普蘭布榮森宅的理想地點在哈德遜是個國家歷史地標，它比瑪塔在劇中的房子更需要重建。「屋主協會在開拍約六週後通知說沒辦法讓我們去那裡拍攝，」湯普森說：「因為那棟建築物無法承受拍片時需要的器材和人員。」湯普森的團隊很快的開始在製片廠依照那棟房子的內部裝潢細節打造另一棟房子，包括重現它的起居室和門廊、氣派的三層樓旋轉樓梯、斑駁的牆壁和褪色的壁紙。出乎意料的是，在攝影棚搭建瑪塔的房子有幾個好處，包括更高的彈性、更能控制光線和更容易讓攝影指導艾斯威特架設攝影機。
「在攝影棚裡蓋三層樓能提供動作場面一些很棒的視線，」湯普森說：「這是個很適合拍電影的場景。」最後劇組為了拍一幕亞倫的關鍵戲，移師到哈德遜去拍普蘭布榮森宅的外部環境，但瑪塔房子外的其他場景都是在威廉波奇童軍營地拍的，它位於紐約的史坦頓島，是個143公畝大的場地。和位於哈德遜的普蘭布榮森宅不同的是，這個地點有茂密的林地，符合吉洛伊的劇情中瑪塔家附近的環境。其他多個設於紐約的拍攝地點還包括JFK甘迺迪國際機場、紐約時報座落於法拉盛的印刷廠、下曼哈頓的聯邦廣場以及位於長島的席歐賽特與老魏斯伯里住宅區。