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視覺特效
觀眾對於第一集的意見包括忍者龜的整體外貌。有些粉絲認為忍者龜看起來太凶狠或嚇人，因此製片群做了微調，讓忍者龜的牙齒和下巴線條變得柔和，甚至改變了他們頭巾的剪裁。
導演戴夫格林開始製作這部電影時，光影魔幻工業特效公司的視覺特效總監帕布羅海爾曼給他看了一大份簡報檔教學，介紹第一集電影使用過的技術，也就是混合了片場的動作捕捉以及舞台上的動作捕捉並配合動畫。
在續集中，製片群則決定使用愈多實景鏡頭愈好。「現實中的元素、真正的地點以及真實的演員、道具和車輛能讓每個鏡頭增添質感和密度，」安德魯福姆表示。「你無法模擬紐約市的現實，或是伊瓜蘇瀑布的壯觀。使用真實場景再加上燈光的細膩運用便能提升動畫效果，而光影魔幻工業特效公司是完美結合藝術和科技的佼佼者。」
「凱文馬特爾和他的團隊深具天賦和熱情，不厭其煩的調整演員的現場動作演出，讓效果更臻完美，」戴夫格林表示。「一個眼神或是一抹微笑都能讓演出提升一個層次。」觀眾對於第一集的意見包括忍者龜的整體外貌。有些粉絲認為忍者龜看起來太凶狠或嚇人，因此製片群做了微調，讓忍者龜的牙齒和下巴線條變得柔和，甚至改變了他們頭巾的剪裁。
「這些忍者龜有了一點成長和改變，」帕布羅海爾曼解釋說。「他們的整體造型經過了細微的調整。我們在第一集得到了很多學習，探索了他們的性格和吸引力，而表演捕捉技術的進展讓完成的角色更加忠於演員的表現。」卡司對於這種技術的熟悉度幫助他們輕而易舉的融入角色。「扮演米奇在續集中變得容易多了，」諾爾費雪說。「看著忍者龜的圖片是一回事，看著你的角色和鉅細靡遺的表情和肢體動作又是完全不一樣的經驗。你可以在資訊更完整的情況下琢磨你的演出。」「我回去看了我在第一集微笑、皺眉或目瞪口呆的樣子，然後問自己這是不是我希望詮釋角色的方式，」傑瑞米霍華德說。「這讓我知道如果我挑眉或做鬼臉，透過電腦動畫看起來可能會很奇怪，無法呈現當下我希望傳達的效果。你做為演員的直覺和電腦動畫表達和轉換出來的臉之間有微妙差異。」
「所有動作捕捉的裝備已經成為我的第二層皮膚，」彼得柏斯提克說。「我想大家並不知道，不管忍者龜從檯子上翻身出來、溜下滑水道或跳躍，每個動作都必須經過計算，因為光影魔幻工業特效公司很注重比例和空間，甚至容貌也是。我們這次在續集中占了這樣的優勢，可以把忍者龜詮釋得更好。」
「我們現在很習慣穿動作捕捉衣，」艾倫里奇森說。「就像看不見一樣，成為身體的一部分。我們也花更多時間在紐約市的街道上拍攝，讓大家可以看見還滿酷的，但你會覺得自己穿著奇怪的灰色睡衣站在人行道上有點蠢。即使演到第二集，我還是覺得自己像個白痴，」他大笑說。「第一集開拍後兩天，我就自動忽略動作捕捉衣的存在了，」梅根福克斯表示。「忍者龜演員們表達出強烈的鮮明個性，我甚至根本不會去注意到他們頭上戴的奇怪攝影機。」
比巴和洛克史迪對光影魔幻工業特效公司來說是獨一無二的挑戰。「這些角色不好處理，」視覺特效共同總監羅勃維佛表示。「第一，他們身形龐大，所以我們無時無刻都必須把規模納入考量。第二，我們必須讓他們不管是用後腳站立還是用四隻腳跑步都看起來很自然。第三，我們勤奮不懈的盡力保存演員的演出風格。」
大鯊魚希莫斯和蓋瑞安東尼威廉斯都很習慣穿動作捕捉衣，因為他們有出現在電玩裡的經驗。「我覺得沒有什麼東西比我們摔角場上穿的短褲還要緊，」希莫斯表示。「我一開始玩摔角時很會放不開。這對我來說是全新的世界，但這麼多年下來，你開始覺得面對觀眾很自在，所以穿著動作捕捉衣不算什麼。」
「在過去幾年，技術完全變得不一樣了，」蓋瑞安東尼威廉斯說。「以前身上必須掛滿乒乓球，現在只需要幾個三角形。在這部電影中，我們一開始都先做了全身掃描，看起來就像有人拿著熨斗繞著我們走，錄下每一吋細節，感覺很像巫術。」
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